Détenue par un gang, la fée Fran rencontre Koyukimaru, un jeune ninja lui aussi prisonnier. Alors qu'ils parviennent à s'enfuir tous les deux, ils sont poursuivis par les pires criminels de Wizard City qui cherchent à obtenir le Rouleau du cataclysme dont seul Koyukimaru connaît l'emplacement.