Après sa rébellion contre Père, l'intelligence artificielle qui l'a créé, le samouraï cyborg Rai s'éloigne de la voie pacifique qu'il avait décidé de prendre. Pour protéger le peuple de la Terre, il affronte de nouveaux ennemis venus de son propre camp, ainsi que des agents de l'ancien Néo-Japon, la patrie déchue de son créateur, dont il était jadis le gardien.